Fernando Nanclares planteó una intervención ambiciosa en San Miguel de Lillo, pero comenta que «el Instituto de Patrimonio Histórico de España prefirió ir por partes». Cuando esté controlado el problema de las humedades («puede ser necesario un tratamiento hidrófugo para evitar las filtraciones», dice), se llegará al corazón del templo: su interior. «Todo lo que hemos hecho son trabajos previos. Una vez evitadas las filtraciones y limpiados los muros, quedaría en condiciones para la restauración integral de las pinturas», explica el arquitecto. La iglesia está pintada de blanco por dentro, salvo en las zonas decoradas con frescos (en las bóvedas), pero Nanclares no descarta que bajo el encalado haya más.