Antes de comenzar la rehabilitación del templo, la empresa Geocisa determinó que entre las causas del deterioro de la basílica estaba no sólo la descomposición de materia orgánica en la zona de las arcillas, sino también el terremoto ocurrido en Gijón 1997, «que favoreció que las arenas del subsuelo se licuaran y perdieran consistencia». Geocisa también advirtió «bombeos realizados desde los edificios anexos».