Hace ya más de cinco años que Las Pelayas reclaman las obras de renovación del tejado del monasterio. La degradación de las cubiertas de las tejas está ocasionando un importante número de problemas. El primero, el daño mismo en el edificio, así como las constantes filtraciones de agua. La techumbre que asoma a las calles de El Águila y Jovellanos está afectada por las goteras, hasta el punto de que la congregación de madres benedictinas tuvo que cerrar varios meses algunas estancias del monasterio. Según afirma la madre abadesa, Rosario del Camino Fernández Miranda, «el saneamiento es urgente».
En 1999 el Plan Director Básico ya contemplaba la obra, aunque el anteproyecto no se realizó hasta el 2007. Tras dos años de «mucho insitir», la Consejería de Cultura y el Ministerio de Fomento firmaron un convenio de colaboración, valorado en 558.354 euros, destinados al nuevo tejado del monasterio San Pelayo. En 2011 todo parecía indicar que la reparación daría inicio, pero Contratas Iglesias, empresa adjudicatoria de las obras, nunca llegó a comenzar la restauración. A día de hoy, Las Pelayas siguen esperando a que la consejería adjudique una nueva licitación.
La comunidad religiosa detectó los primeros problemas de la cubierta en 2006, pero desde entonces todo sigue igual. Fomento aprobó en su día la concesión del 60 % del presupuesto total, alrededor de 360.000 euros, pero el dinero nunca ha llegado a percibirse, ya que como explica la madre abadesa, Rosario del Camino Fernández-Miranda, «se trata de una subvención puntual, únicamente para esta obra». En un panorama de recortes que cada vez van a más, la mayor preocupación de la congregación religiosa es la posible pérdida de esta ayuda, que seguramente no volvería a percibirse «debido al panorama económico que se vive actualmente».
Tras la guerra civil, el monasterio sufrió una obra de restauración, que «se hizo como se pudo». La cubierta primitiva, tal y como viene recogida en el Plan Director, necesita de una reparación «urgente», que las madres benedictinas no cesan de recordar. Las obras, licitadas en un plazo de ejecución de seis meses, son «imprescindibles para el mantenimiento del edificio». La madre abadesa es consciente del «complicado panorama político» que el Principado vive actualmente y valora el «interés» que la Consejería de Cultura muestra en la reparación del tejado. A pesar de ello, hace cinco años que las peticiones comenzaron y, por ello, reconocen «estar molestas».